1949年11月21日，中央人民政府卫生部成立，确定五方面主要职责：医疗服务提供，疾病预防工作，妇幼保健工作，药品检定、监督和生物制品生产、检定工作，医学教育和研究工作。
1954年11月，根据《国务院关于设立、调整中央和地方国家行政机关及有关事项的通知》，中央人民政府卫生部改称中华人民共和国卫生部，为国务院组成部门。
1960年～1976年，卫生行政管理基本格局保持稳定，仅有局部变动和调整。1962年，卫生部妇幼卫生司设立计划生育处，负责管理全国计划生育技术指导工作。1964年，全国人口接近7亿，经国务院批准，成立国务院计划生育委员会。1968年11月，国务院计划生育委员会撤销，计划生育工作仍由卫生部承担。
改革开放后，逐步形成高度分散化的卫生行政管理体制。1978年，成立国家医药管理总局，负责药品生产流通的组织管理工作，卫生部仍保留药品监督管理职能。1981年，为加强计划生育工作，计划生育管理职能由卫生部划到新成立的国家计划生育委员会。1986年，成立国家中医管理局；1988年，成立国家中医药管理局，归口卫生部管理。为适应市场经济发展，这一时期卫生部从总体上加强了卫生行政管理和执法职能。
2003年3月，国家计划生育委员会更名为国家人口和计划生育委员会，增加开展人口发展战略研究、制定人口发展规划、促进生殖健康产业发展等职能。
2013年3月，第十二届全国人大一次会议《国务院机构改革和职能转变方案》，将卫生部的职责、国家人口和计划生育委员会的计划生育管理和服务职责整合，组建国家卫生和计划生育委员会。不再保留卫生部、人口计生委。
2018年3月，根据十三届全国人大一次会议表决通过的《关于国务院机构改革方案的决定》，将国家卫生和计划生育委员会、国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室、全国老龄工作委员会办公室的职责，工业和信息化部的牵头《烟草控制框架公约》履约工作职责，国家安全生产监督管理总局的职业安全健康监督管理职责整合，组建国家卫生健康委员会，作为国务院组成部门。不再保留国家卫生和计划生育委员会，不再设立国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室
